La serie trata sobre un joven tímido llamado Yugi Muto, que ama todo tipo de juegos, pero es frecuentemente molestado por sus compañeros de clase. Un día, resuelve un rompecabezas antiguo conocido como el "Rompecabezas del Milenio"/"Puzzle Milenario", despertando un alter-ego con una personalidad arriesgada, vengativa y segura de sí misma. Ahora, cada vez que Yugi o uno de sus amigos corre peligro de gente con oscuridad en su corazón, el "otro" Yugi se muestra y los reta a un "juego de las sombras" que revela la verdadera naturaleza del corazón de alguien. Los perdedores son sujetos a un castigo oscuro conocido como "partida de penalización", ya sean cartas, juegos de mesa, o de rol. Estará dispuesto a tomar los desafíos de quien sea, donde sea.